Η αρχαία Πεπάρηθος συμμετείχε σε όλους του πολέμους καθώς ήταν αποικία των Αθηνών. Είχαν Δημοκρατικό πολίτευμα. Επίσης είχε σπουδαίους αθλητές που λάμβαναν μέρος σους Ολυμπιακούς Αγώνες. Ένας από αυτούς ήταν και ο Αγνώντας που το 569 π.Χ κέρδισε στον αγώνα δρόμου και από τότε προς τιμή του δόθηκε το όνομά του σε έναν όρμο, και παραμένει ως σήμερα.

Τον 13ο αιώνα π. Χ ο Βασιλιάς Ίλκον της Πέλλας άλωσε την Πεπάρηθο που παρέμενε στάσιμη μέχρι τον 6ο αιώνα όπου άρχισε την εξαγωγή ελαιολάδου και του φημισμένου οίνου, κατά τον Αριστοτέλη, ως αφροδισιακό κρασί. Στο Λουτράκι εγκαταστάθηκε και η πρώτη μηχανή κοπής νομισμάτων το γνωστό ΠΕΠΑ. Μέχρι το 338 π. Χ παρέμεναν σύμμαχοι με την Αθήνα αλλά στη μάχη της Χαιρώνειας το νησί βρέθηκε στην κατοχή των μακεδόνων μέχρι το 146 π. Χ όπου καταστρέφουν την οχύρωση της Σελινούς για να αποφευχθεί η εκμετάλλευσή της από τους κατακτητές Ρωμαίους.

Το σημερινό όνομα της Σκοπέλου εμφανίζεται το 2ο αιώνα στα κείμενα του Πτολεμαίου και οφείλεται στους πολλούς υφάλους και σκοπέλους που υπάρχουν γύρω από το νησί και κάνουν δύσκολη τη ζωή των ναυτικών. Όσο για τη Γλώσσα υπάρχουν 2 εκδοχές: η μία είναι πως έχει δοθεί η ονομασία από το γλωσσοειδές σχήμα του κάβου και η δεύτερη είναι ότι ίσως δόθηκε τον 5ο αιώνα μ.Χ από τον θαλασσοπόρο και γεωγράφο Καρυανδέα Σκυλά του Ικαριώτη ως Κνώσσα και σταδιακά έγινε Γλώσσα. Τέλος η Σελινούς ονομάστηκε Λουτράκι λόγο της ύπαρξης αρχαίων λουτρών μέρος των οποίων σώζονται μέχρι σήμερα.